企业债权债务的清理方式是：
1.重新审核签订偿还协议，并按协议约定清缴欠款。
2.债权清缴与财政扶持和抹帐等相结合、实施综合清欠。
3.鼓励企业发展，对成长性较强的生产型企业欠款，采取债权转股权或债权转投资。
4.规范债权转让方式，债权转让必须依法签订协议，办理公证。
5.明确分工。清欠目标分解到部门，落实到个人，并配套相应的激励措施。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国民法典》
第五百四十六条债权人转让债权，未通知债务人的，该转让对债务人不发生效力。
债权转让的通知不得撤销，但是经受让人同意的除外。
第五百四十六条债权人转让债权，未通知债务人的，该转让对债务人不发生效力。
债权转让的通知不得撤销，但是经受让人同意的除外。