微生物多样性和功能的研究方法包括但不限于：
分子生物学方法：包括PCR、基因测序、荧光原位杂交等技术，可以用来研究微生物的种群结构和功能基因的存在情况。
生态学方法：包括生态调查、样品采集、样品处理和分析等，可以用来研究微生物在不同环境中的分布和功能。
生物化学方法：包括酶活性测定、代谢产物分析等技术，可以用来研究微生物的代谢功能和生物化学过程。
生物信息学方法：包括元基因组学、转录组学、蛋白质组学等技术，可以用来对微生物的基因组、转录组和蛋白质组进行分析。
生理学方法：包括生长曲线测定、代谢产物分析等技术，可以用来研究微生物的生长特性和代谢特性。
以上方法可以单独使用，也可以结合使用，以全面地研究微生物多样性和功能。
例如，针对某一种微生物，可以首先利用分子生物学方法对其基因组进行测序，然后结合生理学方法研究其生长特性，最后再利用生态学方法研究其在自然环境中的分布情况和功能。
综上所述，微生物多样性和功能的研究方法丰富多样，可以根据具体研究目的和对象选择合适的方法或组合多种方法进行研究。